一、产品概述
(一)产品主要组成成分

本试剂盒由试剂盒A与试剂盒B 组成,详见表1 与表2。
表1 试剂盒A主要组成成分
管盖编号 | 试剂盒组成 | 主要成分 | 数量 |
1-Hyb | BHD-探针 | 寡核苷酸 | 23μL×1管 |
2-Hyb | BHD-杂交缓冲液 | Tris-HCl、钾离子、镁离子 | 23μL×1管 |
3-EL | BHD-开拓连接反应 液 | DNA聚合酶、dNTPs、 连接酶、连接酶缓冲液、NAD+ | 35μL×1管 |
4-ED | BHD-外切酶A | 外切酶 | 35μL×1管 |
5-ED | BHD-外切酶B | 外切酶 | 23μL×1管 |
6-Amp | BHD-PCR预混液 | DNA聚合酶、dNTPs、PCR缓冲 液 | 550μL×1管 |
716-729 | BHD-N7引物 | 寡核苷酸 | 5μL×12管 |
502-511 | BHD-S5引物 | 寡核苷酸 | 5μL×8管 |
PC-1 | BHD-阳性对照1 | DNA(变异类型含SNV) | 36μL×1管 |
PC-2 | BHD-阳性对照2 | DNA(变异类型含InDel、HD) | 36μL×1管 |
NC | BHD-阴性对照 | DNA(试剂盒检测范围内基因变 异阴性) | 36μL×1管 |
表2 试剂盒B主要组成成分
管盖编号 | 试剂盒组成 | 主要成分 | 数量 |
MB | 纯化磁珠 | 磁性微珠 | 1000μL×1管 |
(二)产品预期用途
本试剂盒用于体外定性检测前列腺癌患者经10%中性福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本中人类BRCA1、BRCA2基因编码区与外显子-内含子连接区、UTR区(非翻译区)的点突变(SNV)与插入/缺失突变(InDel)、纯合缺失突变(HD,HomozygousDeletion)。BRCA1/2 基因突变用于尼拉帕利醋酸阿比特龙片(AKEEGA®)的伴随诊断。
本试剂盒检测结果仅供临床参考,不应作为患者个体化治疗的唯一依据。临床医生应结合患者病情及其他实验室检测指标等因素对检测结果开展综合判断。
(三)产品包装规格
20测试/盒。
(四)产品检验原理
本试剂盒按照基于 HANDLE技术(Halo-shapeANnealingand Defer-LigationEnrichmentSystem),以样本提取的DNA为材料开展检测。HANDLE技术通过对目标基因区域开展靶向捕获与扩增。HANDLE技术的探针为半环形探针,探针上的开拓臂与连接臂与目标区域杂交,待检测靶区域位于开拓臂与连接臂之间;杂交后利用 DNA聚合酶的聚合功能,从开拓臂开拓到连接臂,拷贝待检测靶区域信息;通过连接酶将半环形探针的切口连接,形成环状产物;利用核酸外切酶将体系中未结合的探针、核酸样本消化,仅保留包括目标区域信息的环状产物;利用探针上的公共序列进
行PCR扩增,即可得到靶向富集的文库。文库经纯化与质控后,通过高通量测序得到测序数据,按照基于配套的生物信息学软件,对涉及靶标基因及SNP探针开展深度与突变频率比值研究,从而检测BRCA1/2 基因纯合缺失(HD)突变,同时通过BRCA1/2 基因内编码区探针研究检测的SNV/InDel突变。
二、临床前研究概述
(一)主要原材料
1.主要原材料的选择
该产品的主要原材料包括探针、dNTPs、NAD+、连接酶、DNA聚合酶、外切酶、PCR 扩增引物、纯化磁珠等,这些原材料均为外购方式获得。
其中引物与探针为申请人自行设计后由专业的合成公司合成并经纯化获得;dNTPs、NAD+、连接酶、DNA聚合酶、外切酶与纯化磁珠等均由有资质的原料供应商提供。通过功能性试验,申请人筛选出最佳原材料与供应商,同时制定了各主要原材料质量标准并检验合格。
2.企业参考品与质控品的设置情况
申请人设计了完整的企业参考品,包括阳性参考品、阴性参考品、最低检测限参考品与精密度参考品。阳性参考品共10 份,包括 BRCA1、BRCA2 不同突变丰度、不同突变种类的阳性参考品。阴性参考品共6 份,5 份为临床FFPE阴性DNA,1 份为非人基因组样本(大肠杆菌)DNA。最低检测限参考品共10 份,包括
试剂盒可检出的所有突变种类。精密度参考品共 6份,包括阴性精密度、不同突变比例与不同突变种类的阳性精密度参考品。
产品同时设置了阳性对照与阴性对照,用于检测过程中试剂盒与仪器的质量控制。
(二)生产工艺及反应体系研究
申请人对该产品反应体系的研究包括试剂用量(探针、引物、dNTPs、NAD+、连接酶、DNA聚合酶、外切酶及纯化磁珠)、模板用量、文库构建条件、测序反应条件、测序数据量等开展筛选与优化,通过功能性实验,确定了最佳的反应体系。
申请人按照试剂盒中试剂及组分的主要生产工艺的研究结果,确定了最佳的生产工艺。
(三)研究性能评估
研究性能评估内容包括准确度、最低检测限、精密度、研究特异性、核酸提取纯化性能等研究。申请人提交了有效运行的质量管理体系下生产的三批产品在适用机型上开展的研究性能评估资料。
准确度研究中,使用 3批成品试剂盒在适用机型上对企业阳性参考品与阴性参考品开展检测,检测结果显示阳性参考品符合率、阴性符合率均为100%。同时,申请人对涵盖BRCA1、BRCA2基因不同突变种类的多例前列腺癌临床样本开展检测,评估申报产品与比较方法的一致性,检测结果符合要求。
最低检测限研究中,申请人使用不同核酸浓度、不同突变丰
度及不同肿瘤细胞含量的样本开展检测,按照基于 95%(n=20)的阳性检出率作为标准,初步确定产品最低检测限。然后使用 3批成品试剂盒在适用机型上对检测限参考品验证,最终确定本产品最低检测限为可检测≥30 ngDNA样本中突变丰度含量为5%的SNV/InDel(点突变与插入/缺失突变),可检测≥100 ngDNA样本中肿瘤细胞含量为40%的外显子水平HD突变,以及肿瘤细胞含量为30%的基因水平HD突变。
精密度研究中,使用 3 批成品试剂盒在适用机型上对多例SNV/InDel阳性样本、HD阳性样本与阴性样本开展检测,评价本产品批内、批间、日内、日间、人员间、仪器间与再现性精密度,检测结果符合要求。
研究特异性研究包括交叉反应研究、干扰研究。交叉反应研究包括序列相近与具有一定同源性的其他常见突变类型、其他人类HRR基因突变类型与非人类基因组样本。申请人使用3批试剂盒对交叉反应样本开展检测,结果显示均无交叉反应。干扰试验结果显示,临床样本中可能存在的主要外源干扰物质、内源性干扰物质与药物,包括37 mmol/L二甲苯、21.7 mmol/L乙醇、10 g/L血红蛋白、37 mmol/L甘油三酯、0.08 mg/mL蛋白酶K、90μg/mL紫杉醇对检测结果均无影响。
申请人按照基于临床样本对核酸提取试剂盒开展了性能研究,按照与该产品的组合性能研究结果,确定核酸提取试剂符合检测需求。
(四)阳性判断值研究
阳性判断值形成按照基于 120 例前列腺癌临床样本开展检测,研究样本涵盖 BRCA1、BRCA2基因不同突变种类。选择参考方法作为研究比较方法,通过SPSS软件开展ROC曲线研究,形成本产品的阳性判断值,再用145 例临床前列腺癌临床样本开展验证。最终确定阳性判断值为:
1.各类别的阳性判定规则
类别①BRCA1/2 基因SNV/InDel,对测序有效深度(Depth)≥180×的位点开展判读:
序号 | 突变类型 | 突变丰度要求(Freq) | 突变有效支持数要求 (ADP) |
a | 非多聚物 (non-polymer) | ≥3.0% | ≥8 |
b | 多聚物 (polymer) | ≥3.8% | ≥8 |
满足上表则判定为阳性位点,阳性位点再按照基因变异研究流程开展分类,分类等级由低到高分别为1、2、3、4、5。任意一个基因出现任何一个或多个第4类(疑似致病性)或第5类(致病性)的样本判定为 BRCA1/2 基因SNV/InDel阳性,否则为BRCA1/2 基因SNV/InDel阴性。
类别②BRCA1/2基因 HD:需同时满足肿瘤含量的模型解释度(Fitness)≥0.35,CNV事件数目(Cnvs)≥6,且概率(Prob)≥0.70,满足条件判定为 BRCA1/2 基因的HD阳性,否则为BRCA1/2基因HD阴性。HD阳性指一个或多个外显子的纯合缺
失。
2.BRCA1/2 基因突变状态的最终判定
SNV/InDel与HD的检测结果均包括3 种情况:阳性、阴性、质控不合格。对BRCA1/2 基因的突变状态开展最终的判定,规则如下:
当BRCA1/2 基因出现SNV/InDel与/或BRCA1/2 基因HD阳性时,则该基因最终的突变状态判定为阳性;
当BRCA1/2基因出现 SNV/InDel 阴性且BRCA1/2基因HD阴性时,则该基因最终的突变状态判定为阴性;
否则该基因最终的突变状态判定为无法评估。
基因突变状态 | HD阳性 | HD阴性 | HD不合格 |
SNV/InDel阳性 | 突变状态阳性 | 突变状态阳性 | 突变状态阳性 |
SNV/InDel阴性 | 突变状态阳性 | 突变状态阴性 | 无法评估 |
SNV/InDel不合格 | 突变状态阳性 | 无法评估 | 无法评估 |
(五)稳定性研究
申请人开展的稳定性研究,包括实时稳定性、使用稳定性(开瓶与冻融稳定性)、运输稳定性等。
实时稳定性研究按照基于 3批试剂盒置于规定储存条件下,分别在不同储存时间对物理性能、准确度、特异性、检测限与精密度开展考察,各项性能指标均符合要求,确定试剂盒A 在-20℃±5℃条件下保存,试剂盒B 在2~8℃条件下保存,有效期为6 个月。
此外,申请人对产品的开瓶冻融稳定性、运输稳定性与样本
稳定性分别开展了研究。 结果显示,产品性能均能满足说明书声称。
三、临床评价概述
该产品临床试验主要包括两部分,一是产品临床检测性能研究,二是产品伴随诊断临床意义研究。
第一部分临床检测性能研究,申请人在中国医学科学院肿瘤医院、复旦大学附属肿瘤医院、哈尔滨医科大学附属肿瘤医院与四川省肿瘤医院共 4家机构完成了临床试验。按照基于试验体外诊断试剂与临床参考方法高通量测序法开展比较研究试验,确认本产品的临床检测性能。入组人群为前列腺癌患者(包括腺泡腺癌、导管腺癌、导管内癌等),临床试验样本类型为福尔马林固定石蜡包埋的组织样本。受试者共585 例,其中,BRCA1 基因突变阳性例数88 例(包括SNV突变阳性70 例、InDel突变阳性19 例),试验结果显示,本产品与临床参考方法相比,临床样本检测的阳性符合率为 100%(95%CI:95.82%,100%),阴性符合率为 100%(95%CI:99.23%,100%);BRCA2基因突变阳性例数231 例(包括SNV突变阳性174 例、InDel突变阳性63 例、HD突变阳性14例),试验结果显示,本产品与临床参考方法相比,临床样本检测的阳性符合率为100%(95%CI:98.36%,100%),阴性符合率为99.44%(95%CI:97.96%,99.84%),此外,试验体外诊断试剂在桥接试验中针对BRCA1/2 基因HD突变检测开展了与药物临床试验中所用临床研究方法(CTA)开展比较研究,其中入组病例中包
括HD阳性病例 17例,针对 HD突变试验体外诊断试剂与CTA检测结果阳性一致率为82.4%,临床试验结果显示,产品临床检测性能满足要求。
第二部分伴随诊断试剂临床意义研究,抗肿瘤药物尼拉帕利阿比特龙片已经在国内批准上市,支持该药物上市的临床研究为MAGNITUDE研究(NCT03748641),该研究是一项随机、双盲、慰藉剂对照、多队列、多中心研究。试验体外诊断试剂按照基于与药物临床试验中所用临床研究方法(CTA)开展桥接试验的方式确认产品临床意义,桥接试验样本来源为上述支持该药物上市的临床研究MAGNITUDE研究(NCT03748641)的 BRCA1/2突变阳性病例及来源于另一项药物临床试验的病例。其中阳性病例108例,阴性样本 97例。试验结果显示:试验体外诊断试剂与 CTA的阳性符合率91.7%(95%CI:84.8%~96.1%) ,阴性符合率99%(95%CI:94.4%~100%)。针对桥接试验中药效学研究,本次桥接试验中入组药物临床试验尼拉帕利+阿比特龙组共 56例,其中试验体外诊断试剂检测阳性43 例。对于药物临床试验中的主要评价指标,上述43个病例的中位rPFS(单位为“月”)为18.43(95%CI:11.10,NE),药物临床试验中尼拉帕利+阿比特龙组的中位rPFS为 16.6(95%CI:13.9,NE),桥接试验中rPFS与药物临床试验结果相比,无显著的统计学差异。
,临床试验结果显示该产品临床性能满足临床要求。
四、产品受益风险判定
按照GB/T 42062-2022 《医疗器械-风险管理对医疗器械的应用》对产品开展风险研究。
(一)受益研究
本试剂盒用于体外定性检测前列腺癌患者经10%中性福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本中胚系与体系来源的人类BRCA1、BRCA2 基因编码区与外显子-内含子连接区、UTR区(非翻译区)的点突变(SNV)与插入/缺失突变(InDel)、纯合缺失突变(HD,HomozygousDeletion)。BRCA1/2 基因突变用于尼拉帕利醋酸阿比特龙片(AKEEGA®)的伴随诊断。
本产品临床应用的主要受益在于:可以作为尼拉帕利醋酸阿比特龙片(AKEEGA®)的伴随诊断试剂,对靶向用药人群开展筛选,从而让前列腺癌患者获得及时的治疗。
(二)风险研究
申请人对已知危险开展风险评价,按照风险可接受准则判断每个危险的风险是否达到可接受水平,对可靠可减少的风险、不经过风险/收益研究即判定为不可接受的风险采取控制措施,并对具体措施实施验证,同时重新对采取措施后的风险开展估计,确认其风险水平是否可接受。但为保证用械安全,基于对主要剩余风险的避免,需要在说明书中提示以下信息:
1.预期用途:本试剂盒用于体外定性检测前列腺癌患者经10%中性福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本中胚系与体系来源的人类BRCA1、BRCA2 基因编码区与外显子-内含子连接区、
UTR区(非翻译区)的点突变(SNV)与插入/缺失突变(InDel)、纯合缺失突变(HD,HomozygousDeletion)。BRCA1/2 基因突变用于尼拉帕利醋酸阿比特龙片(AKEEGA®)的伴随诊断。
本试剂盒检测结果仅供临床参考,不应作为患者个体化治疗的唯一依据。临床医生应结合患者病情及其他实验室检测指标等因素对检测结果开展综合判断。
2.警示及注意事项:产品说明中介绍了该产品检验方法的局限性及使用中的注意事项。


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