本审评要点旨在针对肿瘤基因突变检测试剂（NGS方法）的部分重点问题弄清楚技术审评要求，申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用。若不适用，需具体阐述理由及相应的科学依据，并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容开展充实与细化。
其他未尽事宜应当符合《关于公布体外诊断试剂注册申报资料要求与批准证明文件格式的公告》（国家药品监督管理局公告2021年第122号）等相关法规要求，并参考《抗肿瘤药物的非原研伴随诊断试剂临床试验注册审查指导原则》《与抗肿瘤药物同步研发的原研伴随诊断试剂临床试验注册审查指导原则》等适用的技术文件要求，已发布技术文件中与本要点纷歧致的要求，参照本要点执行。
一、适用范围
本要点所述肿瘤基因突变检测试剂即用于体外定性检测人肿瘤FFPE样本与/或血浆样本中肿瘤相关基因突变的体外诊断试剂，包括各种实体瘤相关基因突变，临床用于相关抗肿瘤药物伴随诊断、指导肿瘤患者治疗等预期用途。
本要点适用于二代测序（NGS）检测方法。
二、审查要点
（一）关于肿瘤基因突变多项标志物联合检测的设计开发基本考虑及产品评价要求
肿瘤基因突变多项标志物联合检测产品已在国内外广泛应用。相关基因突变按照其与抗肿瘤药物相关性的临床证据等级分为伴随诊断基因突变位点（以下简称“伴随诊断位点”）、二级基因突变位点（以下简称“二级位点”）与三级基因突变位点（以下简称“三级位点”）。其中伴随诊断位点即经药物临床试验确认、为抗肿瘤药物安全有效应用提供根本信息，具有弄清楚伴随诊断意义的突变位点；二级位点即具有弄清楚的临床意义，已列入国内外权威诊疗指南、得到临床普遍认可，临床医生可以按照诊疗指南结合患者具体情况对检测的基因位点开展应用，为患者诊疗过程提供指导，但针对中国人群尚无弄清楚伴随诊断证据的突变位点，或者与抗肿瘤药物正在同步开发，已有研究数据初步显示其具有伴随诊断意义的基因突变位点；三级位点即具有潜在的临床意义，可能为新的抗肿瘤药物临床试验提供信息的基因突变位点，例如在文献中报道的基因突变位点。
NGS技术以其高通量、并行化检测的技术特点，适合多项基因突变联合检测，尤其是对于涵盖了大量三级位点的大规模多项基因突变联合检测（以下简称“大panel检测”）以及基因的非热点突变检测尤其具有优势。
基于目前国内外研究成果、临床需求及监管共识认为：按照基于NGS技术开展大panel肿瘤基因突变联合检测，与单项基因突变检测、小panel肿瘤基因突变联合检测分别有其适用的临床应用场景；大panel检测纳入三级位点主要目的在于保留产品的可开拓性，从而保留快速、持续满足临床需求的能力。
在大panel检测产品设计开发时，基因突变位点的纳入与产品评价应满足以下要求：
1.基因突变位点纳入原则
大panel肿瘤基因突变联合检测试剂在设计时，可考虑纳入相关的伴随诊断位点、二级位点与三级位点；各基因突变位点临床意义的界定应符合现阶段的临床共识，并提交相关支持证据。
三级位点临床意义尚不弄清楚，纳入检测panel的主要目的在于保留产品的可开拓性，应在伴随诊断位点与二级位点充分纳入的基础上再考虑纳入；要是检测试剂未充分纳入适应证相关的伴随诊断位点与二级位点，则不应纳入三级位点检测。
多项基因突变联合检测时应确认其联检设计的科学性与可靠性，针对待测基因突变位点的纳入应提供充分的依据，特别应从适应证、适用人群的角度充分论证组合可靠性。
产品说明书【预期用途】项下应弄清楚该产品适用的伴随诊断位点与二级位点，伴随诊断位点弄清楚伴随药物。三级位点临床意义尚不弄清楚，不在产品说明书中体现，企业出具临床检测报告时亦不应报告三级位点检测结果，但应在产品技术要求中列出试剂中的所有探针或扩增引物，说明其覆盖的基因突变位点。
产品批准上市后，如二级或三级位点有充分的证据证明其有更高一级别的临床意义，可申请注册变更，更改预期用途的相关表述，并提交相应的非临床研究资料与临床试验资料。
2.产品评价要求
产品注册申报时应提交相应的非临床研究资料与临床试验资料。
非临床研究中，针对伴随诊断基因/位点，应对每个基因及变异类型，逐个开展研究性能研究；针对二级基因，应对每个基因、每个外显子、每种核酸变异类型（如插入/缺失、点突变等），逐项开展研究性能研究；针对三级基因位点，应对每个基因、每种核酸变异类型（如小片段插入/缺失、点突变等），逐项开展研究性能研究。针对二级与三级基因的研究性能评估还应注意研究样本应覆盖每一套引物、探针结合区域。
临床试验中，针对所有伴随诊断位点应分别提交证明其伴随诊断意义的临床试验资料；针对伴随诊断位点、二级位点应逐项开展检测性能一致性比对试验，每个基因突变位点的阳性、阴性样本例数分别满足统计学要求，并考虑临床样本对引物、探针的代表性；针对三级位点可将所有基因位点汇总开展检测性能综合评价，同时按照突变类型开展分层研究，例如点突变、小片段插入/缺失、基因重排、基因拷贝数变异等，每种突变类型样本量满足统计学要求。
（二）关于不同癌种相关基因突变位点联合检测的设计开发基本考虑及产品评价要求
目前的研究成果显示，不同肿瘤适用的基因突变组合虽然不同，但常常存在交叉，且肿瘤驱动基因适用的肿瘤类型亦可能开拓。因此，对于不同实体瘤的肿瘤基因突变检测，以及泛实体瘤与单一实体瘤的基因突变检测，可以组合在一个注册单元。针对每种肿瘤均应有伴随诊断位点纳入。所有被测基因突变的临床研究应符合现阶段的临床共识。如需纳入三级位点，均应同时满足1.1要求。各基因位点如适用多个适应证，应针对每个适应证分别开展临床评价。
产品说明书【预期用途】与【检验结果的解释】中应弄清楚不同癌种的相关突变位点及其检测结果研究。
建议临床应用时按照患者的患病情况与具体检测需求出具个性化的临床检测报告。
（三）关于伴随诊断试剂血检产品的设计开发基本考虑及产品评价要求
目前针对肿瘤基因突变血浆ctDNA检测，国内外指南均有推荐，涉及的基因位点按照临床证据等级亦可分为三个级别，分别为：血浆ctDNA检测有弄清楚的伴随诊断证据的基因位点（以下简称“血检伴随诊断位点”）；血浆ctDNA检测无直接的伴随诊断证据，但相关基因突变位点肿瘤组织检测有伴随诊断证据（以下简称“血检二级位点”）；组织检测中即为二级或三级位点（以下简称“血检三级位点”）。
基于目前国内外研究成果、临床需求及监管共识，肿瘤患者血浆ctDNA大panel检测具有其相应的临床应用场景，尤其是对于一线治疗出现耐药的晚期、复发患者，可能存在组织样本获取困难，以及可选药物有限、需要更加全面地检测可能获益的靶基因等问题，血检可以作为组织检测的补充，更全面地满足临床需求。但需注意血浆ctDNA检测较组织检测存在固有的灵敏度缺陷，产品说明书中应予以明示。
关于肿瘤ctDNA多项联检的基因突变位点纳入原则、产品评价要求：
1.基因突变位点纳入原则
肿瘤基因突变血浆ctDNA多项联检产品，可纳入血检伴随诊断位点、血检二级位点与血检三级位点。三级位点的纳入应在伴随诊断位点与二级位点充分纳入的基础上酌情考虑；要是检测试剂未充分纳入适应证相关的伴随诊断位点与二级位点，则不应纳入三级位点检测。
产品设计时应充分考虑基因位点ctDNA检测的临床意义与临床证据，同时应确认联检设计的科学性与可靠性。
产品说明书【预期用途】项下应弄清楚该产品适用的血检伴随诊断位点与血检二级位点，伴随诊断位点弄清楚伴随药物。三级位点临床意义尚不弄清楚，不在产品说明书中体现，企业出具临床检测报告时亦不应报告三级位点检测结果，但应在产品技术要求中列出试剂中的所有探针或扩增引物，说明其覆盖的基因突变位点。
产品批准上市后，如二级或三级位点有充分的证据证明其有更高一级别的临床意义，可申请注册变更，更改预期用途的相关表述，并提交相应的非临床研究资料与临床试验资料。
2.临床评价要求
针对血检伴随诊断位点应提交伴随诊断的临床试验资料；针对血检伴随诊断与血检二级位点，应在临床试验中逐项开展检测性能一致性比对试验，每个突变位点样本例数分别满足统计学要求；血检二级位点中建议慎重纳入融合基因与负向位点，主要原因在于融合基因血浆ctDNA检测较点突变、小片段插入/缺失检测存在显著的技术难点，灵敏度缺陷可能更加显著，负向位点的检测如出现假阴性可能造成不能用药的患者错误用药，带来更高的安全性风险。如确需纳入融合基因或负向位点，应在上述评价的基础上同时开展血浆与肿瘤组织的同源比对研究，临床试验证据应证明其产品性能满足临床需求，并在说明书中说明局限性。
针对血检三级位点，临床试验中可汇总开展检测性能综合评价，同时针对不同突变类型分层研究，不同突变类型样本例数分别满足统计学要求。
（四）关于肿瘤基因突变检测中组织样本检测与血浆样本检测注册单元划分的基本考虑
按照基于NGS技术的肿瘤基因突变血浆样本检测与肿瘤组织样本检测，通常在基因位点组合、测序深度、核酸投入量以及生信流程等方面存在较为显著的差异，因此产品设计开发的技术路线、技术侧重点均有不同，建议分为不同的注册单元开展设计开发与注册申报。仅当抗肿瘤药物开发中确实按照基于同一产品开展血浆与肿瘤组织同步检测，且该产品在产品设计上可以同时满足血浆检测与组织检测的需求时，可以在同一注册单元中申报相关基因位点的组织与血浆伴随诊断用途，但不能在该注册单元中随意扩展其他基因位点的血浆检测用途，且这种情况仅限于小panel产品。针对此种情况，建议临床应用中针对组织检测与血浆检测分别出具临床检测报告。如需开展血浆ctDNA组合检测，建议申请人单独设计产品。
（五）密切相关肿瘤基因突变检测试剂中伴随诊断位点临床意义研究途径选择的考虑
目前针对伴随诊断位点检测试剂的开发主要有可归结成两种情况，一是与抗肿瘤药物同步开展开发，二是抗肿瘤药物与原研伴随诊断试剂上市后，参照原研伴随诊断试剂开展非原研伴随诊断试剂的开发。针对伴随诊断位点需开展临床试验确认其伴随诊断的临床意义，按照《与抗肿瘤药物同步研发的原研伴随诊断试剂临床试验注册审查指导原则》《抗肿瘤药物的非原研伴随诊断试剂临床试验注册审查指导原则》的相关要求，主要包括以下路径：（1）与抗肿瘤药物同步开展临床试验；（2）与抗肿瘤药物临床试验中所用的CTA或原研伴随诊断试剂开展桥接试验；（3）开展已上市抗肿瘤药物疗效的通过了解性研究；（4）与原研伴随诊断试剂开展一致性比对。
基于目前国内外研究成果、临床需求及监管共识，对于非原研的肿瘤基因突变伴随诊断位点检测试剂，在开展临床意义的评价中，如试验体外诊断试剂与原研伴随诊断试剂在基因位点及突变类型的覆盖度上具有良好的一致性，可按照基于试验体外诊断试剂与原研伴随诊断试剂（不包括CTA）开展一致性比对，确认产品临床性能满足要求，如比对数据显示两者检测结果具有高度一致性，则无需再开展药效的相关性评价，即选择上述伴随诊断临床意义研究路径（4）开展临床性能评价。
申请人在申报资料中应从探针或引物设计的角度充分论证试验体外诊断试剂与原研伴随诊断试剂对于被测基因位点与突变类型覆盖度的一致性，并确认所按照基于的比较试剂为已上市原研伴随诊断试剂。
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