一、产品概述
(一)产品主要组成成分

本试剂盒由试剂盒 1 与试剂盒 2 组成,详见表 1。
表 1 试剂盒组成
编号 | 组分名称 | 主要成分 | 规格 | 数量 |
试剂盒1 | 多重 PCR 缓冲液 | 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐、氯 化钾、水 | 180μL/管 | 1 |
dNTP 混合物 | 水、核糖核苷酸 | 10μL/管 | 1 | |
氯化镁缓冲液 | 氯化镁、水 | 75μL/管 | 1 | |
多重 PCR 酶 | DNA 聚合酶 | 75μL/管 | 1 | |
UNG 酶 | UNG 酶 | 45μL/管 | 1 | |
PCR 引物混合物 | 寡核苷酸 | 215μL/管 | 1 | |
虾碱酶缓冲液 | 水、氯化镁缓冲液、三羟甲基 氨基甲烷盐酸盐 | 60μL/管 | 1 | |
虾碱酶 | 虾碱性磷酸酶、甘油 | 110μL/管 | 1 | |
开拓缓冲液 | 水、硫酸镁、氯化钾、三羟甲基氨基甲烷盐酸盐 | 55μL/管 | 1 | |
开拓酶 | 高特异性扩增聚合酶 | 12μL/管 | 1 | |
仪器校准品 | 寡核苷酸 | 80μL/管 | 1 | |
均一化质控品 | 寡核苷酸 | 145μL/管 | 1 | |
开拓引物混合物 1 | 寡核苷酸,突变类型: EGFR p.D770_N771insSVD、 | 38μL/管 | 1 |
EGFR p.E746_T751>A、 EGFR p.C797S (COSM6493937)、 EGFR p.E746_A750del (COSM6223 )、 EGFR p.L861Q、 EGFR p.L747_P753>S、 EGFR p.L747_T751del | ||||
开拓引物混合物 2 | 寡核苷酸,突变类型为: EGFR p.G719A、 EGFR p.V769_D770insASV、 EGFR p.C797S (COSM5945664)、 EGFR p.E746_A750del (COSM6225 )、 KRAS p.G12S、 KRAS p.G12R、 KRAS p.G12C 、 PIK3CAp.E545K | 38μL/管 | 1 | |
开拓引物混合物 3 | 寡核苷酸,突变类型为: EGFR p.T790M、 EGFR p.G719S、 EGFR p.G719C、 EGFR p.D770_N771insG、 EGFR p.E746_A750del (COSM6223 )、 EGFR p.H773_V774insH、 ERBB2 p.G776>VC、 | 38μL/管 | 1 |
ERBB2 p.A775_G776insYVMA (COSM12558 )、 KRAS p.G12A、 KRAS p.G12D、 KRAS p.G12V | ||||
开拓引物混合物 4 | 寡核苷酸,突变类型为: BRAF p.V600E、 EGFR p.L747_S752del、 EGFR p.L747_E749del、 EGFR p.E746_T751>A、 EGFR p.L858R、 ERBB2 p.A775_G776insYVMA (COSM20959)、 KRAS p.G13D、 PIK3CAp.E542K、 PIK3CAp.H1047R | 38μL/管 | 1 | |
开拓终止混合液 1 | 水、乙酰化核糖核苷酸 | 8μL/管 | 1 | |
开拓终止混合液 2 | 水、乙酰化核糖核苷酸 | 8μL/管 | 1 | |
开拓终止混合液 3 | 水、乙酰化核糖核苷酸 | 8μL/管 | 1 | |
开拓终止混合液 4 | 水、乙酰化核糖核苷酸 | 8μL/管 | 1 | |
试 剂 盒 2 | 水(HPLC 级) | HPLC 级水 | 11mL/瓶 | 1 |
阳性质控品 | 细胞系 DNA | 3μL/管 | 1 | |
阴性质控品 | 细胞系 DNA | 3μL/管 | 1 |
(二)产品预期用途
本试剂盒用于体外定性检测非小细胞肺癌(NSCLC)、结直肠癌(CRC)患者经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本中 EGFR 、KRAS 、PIK3CA 、BRAF 与 ERBB2 基因变异。针对 NSCLC,EGFR 基因 19 号外显子缺失( 19del)与 L858R 点突变用于盐酸厄洛替尼片与甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断检测,EGFR 基因 T790M 点突变用于甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断。针对 CRC ,KRAS 基因野生型用于西妥昔单抗注射液的伴随诊断检测。
本试剂盒所能检测的其他基因突变位点未经伴随诊断验证。
表 1:伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物
靶向药物 | 基因及氨基酸突变类型 | 癌种 |
盐酸厄洛替尼片 | EGFR:19del 、L858R | 非小细胞肺癌 |
甲磺酸奥希替尼片 | EGFR:19del、L858R 、T790M | |
西妥昔单抗注射液 | KRAS 野生型 | 结直肠癌 |
下表 2 中为本试剂盒可以检出,但未经伴随诊断验证的基因变异类型。
表 2 未经伴随诊断验证的基因变异类型
基因 | 氨基酸突变类型 | 癌种 |
EGFR | D770_N771insSVD、 D770_N771insG 、H773_V774insH、 V769_D770insASV、C797S、G719X、 L861Q | 非小细胞肺癌 |
ERBB2 | A775_G776insYVMA 、G776>VC | 非小细胞肺癌 |
KRAS | G12A、G12V、G12D、G12C、G12S、 G12R 、G13D | 非小细胞肺癌 |
PIK3CA | H1047R 、E542K 、E545K | 非小细胞肺癌、结直肠癌 |
BRAF | V600E | 非小细胞肺癌、结直肠癌 |
本试剂盒仅用于对NSCLC 与CRC 患者靶基因序列的检测,其检测结果仅供临床参考,不应作为患者个体化治疗的唯一依据,临床医生应结合患者病情及其他实验室检测指标等因素对检测结果开展综合判断。
(三)产品包装规格
32 测试/盒。
(四)产品检验原理
本试剂盒以 FFPE 样本中提取的 DNA 为待测物,针对EGFR/BRAF/KRAS/ERBB2/PIK3CA 5 个基因的多种点突变、插入、缺失等设计特异性开拓引物,完成单碱基开拓反应后在飞行时间质谱检测系统中开展检测。
飞行时间质谱检测系统(型号:MassARRAY Dx)基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time ofFlight, MALDI-TOF),其原理是将待测 DNA 开展 PCR 扩增,所得 PCR 扩增产物用虾碱酶(Shrimp Alkaline Phosphatase,SAP)纯化去除未结合的 dNTPs,然后利用 PCR 对扩增产物开展单碱基开拓,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对开拓产物开展检测,通过区分飞行时间长短来开展数据研究。最后通过计算机软件研究判断目标区域序列是否出现改变。
二、临床前研究概述
(一)主要原材料
1.主要原材料的选择
主要原材料包括 PCR 引物、单碱基开拓引物、UNG 酶、 dNTP 混合物、多重 PCR 酶、虾碱酶、开拓酶与质控品。
PCR 引物、单碱基开拓引物为自行设计后委托专业的合成公司合成,其余主要原材料通过功能性试验筛选出最佳原材料与供应商,制定了各主要原材料质量要求并经检验合格。
2.企业参考品与质控品的设置情况
企业参考品包括: 阴性参考品、阳性参考品、重复性参考品与检测限参考品。
其中阴性参考品 1 份,检测范围内所有靶基因变异位点均无突变的样本;阳性参考品 30 份,包括检测范围内所有变异位点;重复性参考品 2 份,包括检测范围内各靶基因代表性变异位点;检测限参考品 10 份,包括检测范围内所有靶基因变异位点检测限突变频率的样本。
试剂盒包括 1 份阳性质控品与 1 份阴性质控品,用于检测过程的质量控制。
(二)生产工艺及反应体系研究
按照试剂盒中试剂及组分的主要生产工艺的研究结果,确定了最佳的生产工艺。
对产品反应体系的研究包括 DNA 样本用量、多重 PCR 引物浓度、多重 PCR 酶浓度、SAP 酶浓度、多重PCR 退火温度、多重 PCR 扩增循环数等,通过功能性试验,最终确定了最佳的反应体系。
(三)研究性能评估
使用三批产品在适用机型上开展了研究性能评估,包括准确度、精密度、检出限、研究特异性(交叉反应、干扰物质)等,并对核酸提取试剂盒开展了性能研究。
1.准确度
对 106 例临床样本开展检测,按照基于方法学比对方式,评价本产品各靶基因变异位点的检测结果与比较方法检测结果的一致性,结果显示阴、阳性符合率均符合要求。
2.精密度
对 10 个代表性位点(覆盖每个基因的每个外显子,包括不同变异类型)按照基于临床样本开展检测,结果显示本产品重复性、操作者间、日内、日间、室内、室间与再现性的精密度符合要求。
3.检出限
分别开展突变频率与 DNA 投入量的检出限研究,按照基于≥ 95%(n=20)的阳性检出率作为接受标准,使用临床样本形成并验证了各靶基因变异位点的最低检出限,最终确定了产品检出限为:在 DNA 总量不低于 30ng 基因组 DNA 背景下,可检测的变异位点的最低突变频率为 0.3125%~2.5%。
4.研究特异性
在交叉反应研究中,对常见病原菌、高浓度野生型样本、潜在的交叉反应性序列、检测范围外靶基因其它变异类型与检测范围内靶基因变异类型间的交叉反应开展研究,结果显示均不产生交叉反应。
在干扰物质研究中,对内源性及外源性干扰物质开展评价。结果显示内源性干扰物质胆红素、甘油三酯、血红蛋白对本试剂盒不产生干扰。外源性干扰物质西妥昔单抗、厄洛替尼、甲磺酸奥希替尼、吉非替尼、氟尿嘧啶、奥沙利铂与阿莫西林对本试剂盒不产生干扰。
5.核酸提取试剂盒的研究
评价了不同厂家核酸提取试剂的提取性能,最终确定常州金麦格生物技术有限公司生产的核酸提取试剂(苏常械备20210011 号)为本产品的核酸提取试剂。
6.携带污染
评价了芯片孔间交叉污染情况,结果为芯片点样及待测产品在质谱检测过程中在芯片孔间不存在交叉污染。
(四)阳性判断值研究
研究分为阳性判断值的形成与验证两部分。使用 246 例临床样本,通过受试者工作特征(ROC) 曲线形成本产品的阳性判断值,使用 138 例临床样本开展阳性判断值验证,最终确定阳性判断值如下:
试剂盒检测范围内的突变位点, 当 SNR≥5,且 Z-score≥7时,该突变位点检测结果为阳性;反之,当 SNR<5 或 Z-Score < 7 时,则表明该突变位点未出现突变或其突变频率低于试剂盒的检测下限。
(五)稳定性研究
稳定性研究包括实时稳定性、使用稳定性(开瓶与冻融稳定性)、运输稳定性与样本稳定性。
实时稳定性研究按照基于三批试剂盒储存于规定储存条件下,在不同时间对试剂盒的外观、阴阳性符合率、重复性与检测限开展考察,结果显示各项性能指标均符合要求,确定试剂盒在规定的条件下(试剂盒 1 :-25℃ ~ -15℃;试剂盒 2 :2℃ ~ 8℃)储存,有效期为 5 个月。
此外,对产品的开瓶、冻融稳定性、运输稳定性与样本稳定性分别开展了研究。结果显示,产品性能均能满足产品说明书声称。
三、临床评价概述
申请人在中国医学科学院肿瘤医院、首都医科大学附属北京胸科医院、南京大学医学院附属鼓楼医院、河南省肿瘤医院、山西省肿瘤医院与吉林大学第一医院共 6 家临床机构完成了临床试验,本次临床试验分为如下两部分。
第一部分:按照基于试验体外诊断试剂与临床参考方法( 一代测序)开展比较试验,评价试验体外诊断试剂的临床检测性能。
( 一)针对非小细胞肺癌适应证
入组病例为非小细胞肺癌患者(包括腺癌、鳞癌、腺鳞癌与大细胞癌),样本类型为 FFPE 样本。临床试验纳入统计受试者共 1484 例。
针对 EGFR 基因,共检出阳性例数 662 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变,阴性 822 例,试验体外诊断试剂与比较方法的阳性符合率为 100%(95%CI : 99.4% ~ 100%),阴性符合率 99.8%(95%CI:99. 1% ~ 99.97%)。
针对 KRAS 基因,共检出阳性例数 180 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变,阴性 1304 例,试验体外诊断试剂与比较方法的阳性符合率为 100%(95%CI: 97.97% ~ 100%),阴性符合率 100%(95%CI:99.7% ~ 100%)。
针对 BRAF 基因,共检出阳性例数 70 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变,阴性 1414 例,试验体外诊断试剂 与 对 比 方 法 的 阳 性 符合 率 为 98.6%(95%CI : 92.3% ~ 99.96%),阴性符合率 99.9%(95%CI:99.6% ~ 100%)。
针对 ERBB2 基因,共检出阳性例数 66 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变,阴性 1418 例,试验体外诊断试剂与比较方法的阳性符合率为 100%(95%CI : 94.6% ~ 100%),阴性符合率 99.9%(95%CI:99.6% ~ 100%)。
针对 PIK3CA 基因,共检出阳性例数 73 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变,阴性 1411 例,试验体外诊断试剂与比较方法的阳性符合率为 100%(95%CI : 95. 1% ~ 100%),阴性符合率 99.9%(95%CI:99.5% ~ 99.9%)。
(二)针对结直肠适应证
入组病例为结直肠癌患者,样本类型为FFPE 样本。临床试验纳入统计受试者共 495 例。
针对 KRAS 基因,共检出阳性例数 217 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变,阴性 278 例,试验体外诊断试剂与比较方法的阳性符合率为 99.5%(95%CI : 97.5% ~ 99.9%),阴性符合率 99.3%(95%CI:97.4% ~ 99.9%)。
针对 BRAF 基因,共检出阳性例数 72 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变, 阴性 423 例,试验体外诊断试剂与比较方法的阳性符合率为 100%(95%CI:95% ~ 100%) ,阴性符合率 100%(95%CI:99. 1% ~ 100%)。
针对 PIK3CA 基因,共检出阳性例数 86 例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种突变,阴性 409 例,试验体外诊断试剂与比较方法的阳性符合率为 100%(95%CI : 95.8% ~ 100%),阴性符合率 100%(95%CI:99. 1% ~ 100%)。
第二部分:按照基于试验体外诊断试剂与原研伴随诊断试剂开展比较研究,评价试验体外诊断试剂的伴随诊断性能。
( 一)针对非小细胞肺癌适应证
入组病例均为非小细胞肺癌患者,主要为药物临床试验适应证人群,样本类型为FFPE 样本。
针对 EGFR 基因,共纳入有效样本 467 例,阳性病例 346例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种伴随位点, 阴性病例 121 例,试验体外诊断试剂与原研伴随诊断试剂的阳性符 合 率 99.4%(95%CI : 97.9% ~ 99.9%) , 阴 性 符 合 率98.3%(95%CI:94.2% ~ 99.8%)。
(二)针对结直肠癌适应证
入组病例均为结直肠癌患者,主要为药物临床试验适应证人群,样本类型为 FFPE 样本。
针对 KRAS 基因,共纳入有效样本 242 例,阳性病例 153例,阳性病例覆盖试验体外诊断试剂声称的各种伴随位点, 阴性病例 89 例,试验体外诊断试剂与原研伴随诊断试剂的阳性符合率99.3%(95%CI:96.4% ~ 99.98%),阴性符合率98.9%(95%CI: 93.9% ~ 99.9%)。
,该产品临床试验设计符合《体外诊断试剂临床试验技术指导原则》的相关要求。临床试验结果显示该产品临床性能满足临床要求。
四、产品受益风险判定
按照 GB/T 42062-2022《医疗器械-风险管理对医疗器械的应用》对产品开展风险研究。
( 一)受益评估
本试剂盒用于体外定性检测非小细胞肺癌(NSCLC)、结直肠癌(CRC)患者经福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织样本中 EGFR 、KRAS 、PIK3CA 、BRAF 与 ERBB2 基因变异。针对 NSCLC,EGFR 基因 19 号外显子缺失( 19del)与 L858R 点突变用于盐酸厄洛替尼片与甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断检测,EGFR 基因 T790M 点突变用于甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断。针对 CRC ,KRAS 基因野生型用于西妥昔单抗注射液的伴随诊断检测。本试剂盒所能检测的其他基因突变位点未经伴随诊断验证。
本产品临床应用的主要受益在于:可以作为盐酸厄洛替尼片、甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断试剂对靶向用药人群开展筛选,从而让 NSCLC 患者获得及时的治疗;可以作为西妥昔单抗注射液的伴随诊断试剂对靶向用药人群开展筛选,从而让 CRC患者获得及时的治疗。
(二)风险评估
对已知危险(源)开展风险评价,按照风险可接受准则判断每个危险(源)的风险是否达到可接受水平,对可靠可减少的风险、不经过风险/收益研究即判定为不可接受的风险采取控制措施,并对具体措施实施验证, 同时重新对采取措施后的风险开展估计,确认其风险水平是否可接受。但为保证用械安全,基于对主要剩余风险的避免,需要在说明书中提示以下信息:
本试剂盒仅用于对 NSCLC 与 CRC 患者靶基因序列的检测,其检测结果仅供临床参考,不应作为患者个体化治疗的唯一依据,临床医生应结合患者病情及其他实验室检测指标等因素对检测结果开展综合判断。
警示及注意事项:产品说明中介绍了该产品检验方法的局限性及使用中的注意事项。


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